手足口病在臨床上可分為普通型和重症型兩種，治療方法也不盡相同。具體情況如下：
1、普通型手足口病：大約98%的手足口病屬於普通型，這是一種自限性疾病，通常在7-10天內會自然痊癒，因此不需要特殊治療。
由腸道病毒引起的普通型手足口病，目前沒有特效抗病毒藥可用。寶寶只需進行病情的對症護理，緩解不適感，耐心等待疾病自行好轉即可。
在飲食上，應選擇清淡、偏涼的流質食物，以減輕口腔疼痛。同時，在味道上要避免刺激性食品，如酸辣食物。寶寶需要及時補水，保證正常的尿液排洩，尿液應保持淺黃清亮。
若寶寶不願意喝水，可以飲用豆汁、牛奶或者果汁，如西瓜汁。此外，要注意休息，有助於病情康復。患有手足口病的寶寶應進行居家隔離，以避免傳染給其他兒童。對於皮疹，並不需避免水，寶寶可以洗澡，家庭環境也要保持通風。
2、重症型手足口病：大約1%-1.6%的寶寶可能會發展成為重症型手足口病，病情進展較快，可能導致腦炎、腦膜炎、肺水腫、心衰甚至死亡。
如果寶寶發燒超過三天且體溫達到38.5℃，並出現嗜睡、頭痛、嘔吐等症狀，可能是重症型手足口病，此時必須及時就醫。
重症型手足口病多由腸道病毒EV71引起，目前已經有針對EV71型腸道病毒的二類疫苗可供接種，家長可以考慮給寶寶接種疫苗。