糞菌移植適用於以下疾病:嚴重便祕、腸易激綜合徵、潰瘍性結腸炎、克羅恩病以及自閉症。糞菌移植的主要操作流程包括從健康人糞便提取正常菌群,然後將其移植到患者的腸道中,以增強有益菌的存在,提高腸道免疫力,並達到治療疾病的效果。
對於一部分患者而言,便祕與器質性疾病無關,並且其便祕症狀具有反覆發作特點。對於便祕程度嚴重且頻繁發作的患者,糞菌移植治療是可行的解決方案。腸易激綜合徵的發病原因與多種因素相關,其中有相當一部分是由腸道菌群失衡引起的。對於腸易激綜合徵患者來說,糞菌移植在改善症狀方面表現不俗。
潰瘍性結腸炎是由結腸黏膜潰瘍引起的疾病,其發病與腸道菌群失衡有關。糞菌移植也是一種改善潰瘍性結腸炎的方法。克羅恩病是一種發病原因不明且治療難度較大的疾病,然而透過糞菌移植,克羅恩病的病情也可以得到有效改善。
此外,兒童中存在不少自閉症患者。透過進行糞菌移植治療,甚至自閉症也可以得到改善,因此糞菌移植可以應用於兒童自閉症的治療中。