肩袖損傷的Ⅱ度和Ⅲ度一旦確診，通常需要進行手術治療。目前手術方法主要有兩種：一種是微創治療，透過2-3釐米的小切口進行；另一種是關節鏡治療。
不論選擇哪種治療方式，手術後都需要進行康複訓練。對於使用支架固定的患者來說，大約需要固定1-1.5個月後才能去除支架。然而，支架並不能立即去除，需要3-4天才能摘除。在摘除支架後，要求患者進行外展45°、前屈60°的動作。
在今天進行磁共振檢查後，如果顯示肩袖癒合良好，明天將開始去除支架。但在去除支架之前，需要提前計劃好床頭的枕頭或者小被子，墊比支具低10°-15°的高度；第二天下午再換一箇比前一天低10°-15°的枕頭。第三天，患者可以胳膊貼身；第四天才能開始進行一些要求的動作。
早期的康復動作主要是慢慢外展上肢，而不是立即抬起來；第二個動作是前屈，向前舉起；第三個動作是向後伸展。在早期，不允許進行旋轉動作，也稱為旋轉袖。旋轉動作會對肩袖產生較大的刺激，因此通常要求在手術後1-2個月才能開始進行旋轉動作。
大約在去除外固定支具的10-15天后，患者只需要進行外展、前屈和後伸這三個動作。通常在手術後2個月左右，醫生才開始要求患者進行旋轉動作，例如外旋、內旋、摸後背、以及90°過肩或過頂等較難的動作。一般來說，需要等待3個月後，才能開始進行拉單槓、拉吊環等對肩袖衝擊力較大的動作。透過2-3個月的訓練和患者的努力配合，通常可以獲得滿意的效果。