光動力療法是一種有效的治療方法，但疼痛常常影響治療效果。在臨床實踐中，冷療是一種被廣泛認可的有效療法。冷療的主要作用是啟用受體TRPM8，即薄荷醇受體。該受體的啟用可誘導病理性疼痛的缺失，從而減輕疼痛。一般來說，無論是在治療尖銳溼疣還是海姆泊芬光動力療法治療鮮紅斑痣時，都會在治療的頂峰期間進行冷噴、冷風吹或者冷敷，以降低病人疼痛值，實踐證明冷療的效果比較明顯。
對於中、重度疼痛，單純的冷療效果有限，患者仍然感覺疼痛。此時，可以考慮口服或外用鎮痛藥物。在臨床實踐中，常用的鎮痛藥物有雙氯芬酸鈉栓劑、口服西樂葆以及非甾體類消炎鎮痛藥等。這類藥物雖然效果有限，但個別患者可能會有較好的鎮痛效果。除了藥物治療外，還可以採用表面麻醉劑如複方利多卡因乳膏來減輕疼痛。然而，不同研究的結果並不一致，有些稱效果一般，但也有人稱效果還行；反而有人在使用後疼痛加劇。這可能與藥物與區域性光敏劑的作用有關，目前該方法並不是最理想的治療途徑。
對於中、重度疼痛，口服鎮痛藥是一種比較確定有效的治療方法。比較常用的中樞性鎮痛藥有曲馬多和地佐辛等，這些藥物雖然有一定效果，可減輕疼痛幾分，但仍不能完全解決痛苦。另外，全麻是一種治療疼痛的有效途徑，但其費用及副作用等問題限制其在實踐中的廣泛應用。因此，在進一步的研究中，可以考慮綜合應用多種方法，如口服鎮痛藥加區域性神經阻滯等，共同解決中、重度疼痛問題。