射頻消融手術的成功率與疾病種類密切相關。
對於室上速患者，需要診斷髮作是否由雙徑路室上速、旁路引起，或其他複雜心律失常，如房速、房撲，尤其是持續性房顫，或室早、室速等。因此，不同型別的射頻消融的實際成功率存在不同，而對於普通室上速患者，如旁路或雙徑路引起的室上速，成功率可達99%以上，尤其對於左側旁路，複發率很低，因此，大部分室上速患者透過射頻消融手術均可根治。而對於房顫患者，尤其是高齡持續性房顫患者，本身複發率和成功率均很低，一般僅有70%的成功率，且成功率隨患者情況而異。實際上，根據臨床研究，房顫射頻消融手術後5年的成功率不足30%。因此，針對不同的疾病和不同人群，射頻消融手術的成功率存在很大差異。對於室早患者，特別是右室流出道的室早患者，成功率非常高，一般可達90%以上，但也存在復發情況。部分特殊位置的室早成功率較低，比如左室頂部室早，由於此位置複雜，可能是右室流出道或者左室流出道或主動脈竇，或者左室流出道下方，因此手術位置較難把控。
嚴重者需要到心外膜位置進行消融，而心外膜脂肪墊較厚，成功率也不高。可見，不同疾病的射頻消融手術的成功率存在很大差異，需要進行精準的情況分析和手術定位，以提高手術的成功率和治癒率。