真菌檢測方法有多種，其中最常用的是真菌直接鏡檢。該方法要求先清潔創面，並收取表面的皮屑、毛髮、甲板或體液組織等樣品。將樣品放在玻璃片上，加入5%-10%的氫氧化鉀液，覆蓋蓋玻片，稍加溶解。通常5分鐘後，可在顯微鏡下低倍鏡下尋找是否存在菌絲或孢子，並將其轉為高倍鏡進行觀察。
真菌培養是另一種檢測方法，其優點是可以根據菌株特性進行分型，並可用於藥物敏感試驗。真菌分離的成因包括人自身，醫療裝置或建築物等環境物質感染。目前，抗真菌藥物的廣泛使用可能加速了抗藥性真菌菌株的產生，這增加了真菌感染的困難。
血清學試驗也可用於檢測真菌感染。該方法適用於已知真菌種類並且被檢測者具有免疫應答的情況。面臨著嚴重的感染或免疫缺陷的患者最常使用此種方法，在此情況下，常規真菌檢測可能會有假陰性或假陽性的預測。
組織病理檢查是對臨床檢查結論與治療的輔助檢查方法。其透過顯微鏡對組織學方面的病理變化進行檢測以確定真菌感染的存在。該方法對於診斷深部組織的真菌感染效果更好，然而，檢測方法的靈敏度和特異性較低。
因此，真菌檢測方法的選擇應基於真菌感染病理學特徵以及外科手術、脊髓穿刺等操作的具體情況，以及明確的臨床病史和藥物治療等因素。