治療病毒性疣最為有效的方法包括口服藥物和外用藥物,以及冷凍、電離子或者二氧化碳鐳射燒灼等治療方式。口服藥物方面,可以選擇匹多莫德或者香菇菌多糖等免疫調節藥物;另外,中藥湯劑也是常見的治療方案之一,例如常用的中藥湯劑成分包括板藍根、大青葉、紅花、赤芍、馬齒莧、木賊和香附等,煎水後口服。對於外用藥物,則可以選用重組人干擾素α-2b軟膏、咪喹莫特軟膏或者維A痠軟膏進行治療。
治療期間需注意預防感染,每天塗抹夫西地痠軟膏,一天兩次預防感染的發生。此外,還需要忌酒,忌食辛辣刺激性食物,並避免使用手摳病灶,以免造成感染。如果此外的方法不起作用,可以考慮手術治療。對於大量、深入面板的疣,一些患者常選擇日間手術病房或醫生的診所進行治療。治療結束後,需定期複診並進行隨訪,排除復發和轉移的情況。