鑑於目前尚無特效抗病毒藥物可用於治療尖銳溼疣，因此，必須採取綜合治療方法進行治療，具體如下：
1. 治療引發因素：例如白帶過多、包皮過長、以及其他性傳播疾病等因素需要加以治療。
2. 藥物治療：可採用0.5%的足葉草脂毒素酊、50%的三氯醋酸、5%的咪喹莫特霜、以及15%的茶多酚軟膏外用。
3. 手術治療：對於單發、小面積的溼疣，可以使用手術切除的方法進行治療；對於巨大的尖銳溼疣，可以考慮使用Mohs手術進行切除。
4. 冷凍治療：利用低溫液體氮（-190℃）進行壓凍，促進溼疣組織壞死脫落。這種方法適用於數量少、面積小的溼疣，但易於復發。
5. 鐳射治療：通常使用二氧化碳鐳射燒灼的方法來治療尖銳溼疣。對外陰部位、陰莖以及肛周的溼疣特別適用。
6. 電灼治療：採用高頻電針或電刀切除溼疣。適用於數量少、面積小的尖銳溼疣。
7. 微波治療：利用微波治療的手段，區域性麻醉使用利多卡因，將桿狀輻射探頭插入溼疣的基底部位進行治療。當溼疣變小、顏色變暗時，熱輻射凝固治療完成。
8. 干擾素治療：干擾素具有抗病毒和調節免疫作用，僅作為輔助治療。可以使用α或β-重組干擾素，區域性或病灶內給藥。
9. 光動力療法：光動力療法是一種利用鐳射、鹽酸氨酮戊酸等光敏劑與氧相互作用的新方法，用於治療尖銳溼疣。該方法具有治療效果好、副作用小、複發率低的特點，是目前治療尖銳溼疣的最佳方法之一。