先天性巨結腸手術後可能出現以下併發症：
1、肛門面板感染。如果切除的腸管較長，可能導致肛門糜爛和大便次數增多。
2、吻合口瘻是巨結腸手術早期最嚴重的併發症，可能威脅生命。一旦出現吻合口瘻，應及時禁食引流，進行抗感染治療。如果效果不佳，需要及時進行造瘻手術。
3、吻合口狹窄。手術後2-3周需要進行常規肛門擴張治療，因為肛門周圍的吻合口容易出現瘢痕引起狹窄。如果持續擴肛3-6個月，否則吻合口容易形成寬厚的瘢痕狹窄環。
4、術後小腸結腸炎。巨結腸根治術後發生小腸結腸炎的比例約為10%-18%。發生原因與腸管痙攣梗阻、細菌毒素侵蝕性腸黏膜，以及患兒免疫功能異常有關。一旦發生小腸結腸炎，應急診住院治療。
5、術後腸梗阻。多數是由於手術後出現腸粘連引起的，主要症狀包括腹脹、嘔吐、噁心，肛門停止排氣和排便。確診後需要住院治療，早期可進行保守治療。當保守治療效果不佳時，可以考慮進行剖腹探查手術。
6、汙糞和大便失禁。手術後早期約有40%的患兒可能出現汙糞和大便失禁，患兒排便時少量糞便可能汙染內褲。汙糞症狀大多在術後六個月開始緩解，一年左右基本上可以痊癒，但部分患兒晚期仍可能出現少量汙糞甚至失禁。
7、便祕復發。根治手術後約有10%患兒可能再次出現便祕，需要到外科門診進行複查瞭解情況，並進一步確定下一步的治療方案。