如果存在相應的藥物適應症，藿香正氣膠囊和連花清瘟膠囊一般可以同時使用，但建議在醫生的指導下正確使用藥物，避免盲目使用導致藥效不佳或者劑量過量的情況。
藿香正氣膠囊是一種中成藥，它由廣藿香、白朮(炒)、厚朴(姜制)、法半夏、紫蘇葉、白芷、陳皮、茯苓、桔梗、甘草、大棗、大腹皮和生薑組成，具有解表化溼、理氣和中的功效。它主要用於治療外感風寒、內傷溼滯、頭痛昏重、胸隔痞悶、脘腹脹痛、嘔吐洩瀉等病症。
連花清瘟膠囊主要由連翹、金銀花、炙麻黃、炒苦杏仁、石膏、板藍根、綿馬貫眾、魚腥草、廣藿香、大黃、紅景天、薄荷腦和甘草組成，可用於清瘟解毒、宣肺洩熱。它適用於治療流行性感冒屬於熱毒襲肺的情況，可以改善發熱或高熱、惡寒、肌肉痠痛、鼻塞流涕、咳嗽、頭痛、咽乾咽痛，以及舌質偏紅，苔黃或黃膩等症狀。
在服用藿香正氣膠囊或連花清瘟膠囊期間，不宜同時服用具有滋補性的中成藥。值得注意的是，藿香正氣膠囊和連花清瘟膠囊都不屬於滋補性的中成藥，兩種藥物組分之間通常不會產生相互反應。因此，如果患者有使用藿香正氣膠囊和連花清瘟膠囊的適應症，可以在醫生的指導下同時使用，不會影響藥物的治療效果。
需要注意的是，如果患者對藿香正氣膠囊、連花清瘟膠囊中的成分或者兩種藥物中的任何成分過敏，那麼在這種情況下，就不能同時服用這兩種藥物，應避免使用引起過敏的藥物。如果服藥三天后症狀未能改善，或出現明顯的吐瀉情況，以及其他嚴重症狀，就應該停止使用藥物，並及時前往普通內科就診，以進行血常規、視診等檢查，以明確具體情況。