科興疫苗在不良反應方面相對較少，可出現注射部位疼痛等輕微症狀，這些症狀通常可以忍受，也會自行消失。但在少數情況下，也可能出現過敏反應。因此，在接種疫苗後需在接種門診觀察30分鐘，留意個人反應情況。
科興疫苗屬於新型冠狀病毒滅活疫苗之一。這類疫苗透過非洲綠猴腎細胞培養和病毒滅活處理，保留抗原成分以誘導免疫反應，並加入氫氧化鋁佐劑以增強免疫原性，從而達到預防疾病的效果。科興疫苗的安全性良好，在臨床前研究和生殖毒性研究中未發現安全問題。
然而，接種科興疫苗後可能會出現一些常見的不良反應，如注射部位疼痛、頭痛、疲勞和肌肉痛，多數情況為輕度或中度症狀。部分人可能會出現區域性疼痛、腫脹或硬結，這是由於注射部位受到針刺的原因。有些人可能因疫苗成分的刺激而出現發熱症狀，也可能出現乏力、腹瀉、肌肉痛、咳嗽、咽痛、噁心和食慾不振等症狀，一般情況下，這些症狀較輕，無需特殊治療，會自行消退，不必擔心。
如果對科興疫苗的成分過敏，接種後可能會出現過敏反應。輕微過敏症狀可能包括皮疹和面板瘙癢，嚴重情況下可能出現胸悶、呼吸困難和休克等症狀。此時，需要及時處理，一般需要過敏反應科或急診科醫生透過視診、血常規檢查等手段明確病情，並給予積極治療，如吸氧等。
建議在接種前告知醫生自身是否對疫苗成分過敏。對於對疫苗成分過敏的情況，應避免接種科興疫苗，可在醫生建議下接種其他型別的新型冠狀病毒疫苗。