生殖器皰疹的臨床表現可以分為原發性和非原發性初發的皰疹。一般來說,生殖器皰疹有一箇潛伏期,一般為3-14天,在外生殖器或肛門周圍可出現成簇或散在的小水皰,2-4天后這些水皰可能會破潰形成糜爛或潰瘍,並伴有疼痛。患者可能出現腹股溝淋巴結腫大和壓痛。一些患者可能還有發熱、頭痛和乏力等症狀,整個病程可能持續2-3周。
除了初次感染的生殖器皰疹,還有複發性的生殖器皰疹。在原發皰疹消退後,皮疹可能會反覆發作。與原發皰疹相比,複發性生殖器皰疹的症狀較輕,病程也較短。在發生皮疹之前,區域性可能會有燒灼感、針刺感或異常感覺,然後在外生殖器和肛門周圍形成一些小水皰,很快這些水皰會糜爛,形成淺潰瘍,患者自覺症狀較輕,病程可持續1周以上。