淋菌性咽炎的治療主要以全身治療為主，最有效的藥物是青黴素類抗生素，可以透過肌注或口服的方式給予，具體用藥劑量根據病情的輕重程度而定。即使是臨床無症狀帶菌者，也需要接受藥物治療，並在治療的同時進行隔離，以防止疾病的傳播。淋病治癒的標準是必須兩次塗片和培養結果均為陰性，才可停止使用藥物。
一、一般治療
如果患者的性伴侶也患有淋菌性咽炎，雙方都需要進行根治治療。另外，在性行為中需要使用避孕套，儘量避免口交，增強自身的免疫力，保持個人衛生，並避免與他人共用私人物品等。
二、藥物治療
1、喹諾酮類抗生素：
（1）環丙沙星：具有廣譜抗菌作用，對大多數需氧性革蘭陰性桿菌具有高度的抗菌活性，對對青黴素產生耐藥的淋球菌也具有高效的抗菌作用。但是過敏對這種藥物及喹諾酮類抗生素的患者禁用。可以餐後服用，以減少胃腸道反應，對於腎功能異常的患者需要減量用藥。
（2）氧氟沙星：對需氧性革蘭陰性桿菌具有高度的殺菌作用，對淋球菌也具有高效的殺菌作用。對於肝腎功能異常的患者則需要謹慎使用。
2、青黴素類抗生素：
（1）阿莫西林：屬於青黴素類抗生素，適用於輕型病例。偶爾可能出現胃腸功能紊亂、蕁麻疹、皮疹以及過敏反應等副作用。
3、肌注藥物：
（1）頭孢曲松：透過抑制細菌細胞壁的合成來發揮殺菌作用，需要在使用之前進行面板試驗。
4、區域性用藥：
（1）生理鹽水：用於清洗口咽部，保持乾淨、清潔。
（2）氯己定漱口水：用於區域性黏膜的消毒。
三、手術治療
一般情況下，淋菌性咽炎無需手術治療。
四、心理治療
淋菌性咽炎是一種性傳播疾病，患者容易受到輿論的干擾，產生心理疾患。因此，患者需要進行心理疏導，正確認識疾病，並積極配合治療。