3歲寶寶睡覺時磨牙的原因有很多，包括生活習慣、精神因素、牙頜因素和腸道寄生蟲等。偶爾磨牙對健康影響較小，但長期磨牙會對身體造成一定危害，需要及時干預。可根據具體病因進行心理干預、肌肉鬆弛療法、飲食療法，或者使用驅蟲藥物進行治療，以改善寶寶睡覺磨牙的症狀。
首先是生活習慣方面，3歲寶寶睡覺前攝入過多食物，沒有完全消化，可能會導致食物積聚。因為胃腸道需要在夜間進行消化吸收工作，所以神經反射會引起面部咀嚼肌的自發性收縮，從而導致寶寶在睡覺時磨牙。
其次是精神因素方面，在睡覺前過於興奮地看電視或者玩遊戲，或者家庭關係緊張，會導致寶寶缺乏安全感。在睡眠狀態下，寶寶的各種情緒可能會下意識地透過磨牙來表達。
牙頜因素也是導致寶寶睡覺磨牙的原因之一，包括牙齒畸形、齲齒和單側咀嚼等，這些問題會引起咬合障礙。在深度睡眠時，寶寶的潛意識下頜運動會增加，從而透過磨牙來達到咬合平衡。
另外，腸道寄生蟲也可能是引起寶寶睡覺磨牙症狀的原因。蛔蟲在寶寶的小腸內吸收營養物質並分泌毒素，同時會四處遊走刺激腸道蠕動，導致寶寶神經興奮不穩定，引發磨牙。蟯蟲病也可能導致寶寶在睡覺時磨牙，因為蟯蟲會爬到肛門口產卵，引起肛門瘙癢，從而導致寶寶睡眠不安穩。
此外，還有其他原因可能會導致3歲寶寶磨牙，如缺乏鈣或其他元素，以及遺傳因素等。寶寶缺鈣會導致體內鈣代謝紊亂，進而引發骨骼脫鈣和自主神經紊亂，最終導致睡覺時磨牙的情況發生。