治療生殖器皰疹的藥物可分為抗病毒藥物、對症治療藥物和輔助藥物。抗病毒藥物可分為口服和外用,常用的口服藥物包括泛昔洛韋、伐昔洛韋和阿昔洛韋,可按療程服用。區域性外用可使用噴昔洛韋乳膏進行塗抹,起到輔助治療的作用。對症治療藥物主要以止痛為主,部分病患會出現明顯疼痛症狀,可口服布洛芬或可普芬進行止痛,若疼痛較為嚴重,也可使用加巴噴丁,這是一種強效的鎮痛藥物。
輔助用藥常用於皰疹併發細菌感染或黴菌感染時,常用的有百多邦和達維邦,抗真菌感染可使用咪康唑或克黴唑軟膏。生殖器皰疹主要透過性接觸傳播,少數人可能透過間接途徑傳染,所以患者的配偶或性伴侶應同時接受檢查,若發現有皰疹感染,應同時進行治療,以避免雙方的交叉感染和復發。