輸尿管軟鏡是一種新的微創治療方法，用於處理上尿路結石。它透過人體天然腔道，利用一根纖細而柔軟的輸尿管鏡和鐳射裝置，將上尿路結石粉碎或粉末化，使之成為微小的碎片，以達到治療目的。作為一種典型的微創治療手段，輸尿管軟鏡的術後併發症主要包括以下幾點。
首先，在手術過程中，由於灌洗水的沖洗和灌注，如果過量的灌洗水、手術時間過長或壓力過高，患者可能會出現泌尿系統感染甚至膿毒血癥等嚴重情況。
其次，在手術中持續灌洗水，腎臟壓力過高，結合腎臟本身存在結石的情況下，可能會增加腎臟破裂的風險。
在放置輸尿管鞘時，使用特殊的耗材輸尿管軟鏡鞘，有可能對輸尿管黏膜造成一定程度的撕脫或損傷。
此外，一些位於特殊部位且比較難以處理的結石，如腎下盞角落的小結石，無法透過輸尿管軟鏡進行處理，這是手術中容易出現的併發症。另外還有術後併發症，相對來說出血風險較少，而感染則是主要併發症之一，因此術後需要觀察是否出現泌尿系統感染。
輸尿管軟鏡術後的殘石率較高，雖然經鐳射處理後的石頭變得非常小，但並不代表所有的石頭都能夠排出。石頭的排出需要個人剩餘壓力和排石能力的決定，因此殘石也是輸尿管軟鏡的併發症之一。
最後，輸尿管軟鏡可能導致輸尿管狹窄。在留置輸尿管鞘後，可能會對輸尿管黏膜造成一定程度的損傷，進而導致輸尿管狹窄。然而，這些併發症在近十多年的規範化操作下發生率相對較低。