慢性結腸炎是由多種原因引起的腸道炎症的改變，包括特異性慢性結腸炎和非特異性慢性結腸炎，其預後各有不同。慢性結腸炎的治療時間因疾病種類而異，具體如下：
1、由細菌引起的慢性結腸炎，抗菌治療效果較好。配閤中藥治療，通常在1-2周內可以達到控制效果。然而，嚴重程度不同，例如金黃色葡萄球菌或綠膿桿菌引起的細菌性結腸炎，無論中西醫治療都相對困難。
2、結核性慢性結腸炎對抗癆治療效果非常好。通常需要治療6-12個月，並配閤中藥治療以達到更好效果。
3、病毒性慢性結腸炎可以透過中藥治療取得很好的效果。通常，在一年左右的時間內症狀能夠完全緩解。
4、特異性結腸炎中，如阿米巴腸炎等，存在一些特效治療方法，例如常用的甲硝唑治療，通常在2-4周左右症狀會消失。
5、非特異性慢性結腸炎主要包括潰瘍性結腸炎和克羅恩病。潰瘍性結腸炎是一種與自身免疫相關的慢性結腸炎，在症狀上表現為腹痛、腹瀉、黏液膿血便等。雖然該病的治療效果較好，但易復發。因此，在國外曾主張進行3-5年的藥物維持治療，而根據最新指南，終身服藥與中藥聯合治療也能取得良好的效果。因此，在急性期時進行誘導緩解，而對於慢性期，可以選擇中藥，儘量長時間使用中成藥以維持緩解狀態。