腸鏡檢查所需時間因個人情況而異,通常約為15分鐘。在進行腸鏡檢查時,有一箇要求是無論醫生的插管技術如何嫻熟,達到回盲部或目的位置的用時可控制在1到2分鐘,但是退鏡時必須要緩慢進行。這是因為在進行腸鏡檢查時,進鏡主要用於進行初步觀察,而非詳細觀察,而詳細觀察則依賴於退鏡。因此,退鏡時必須要慢一些。此外,結腸內有許多褶皺,這些褶皺可能會隱藏一些病變,不容易被髮現。因此,在此階段需要反覆觀察並反覆吸引殘留液體以確保觀察的準確性。
腸鏡退鏡的時間不少於6分鐘,這樣可以更好、更全面地進行觀察,從而減少漏診的可能性。做腸鏡檢查的主要目的是發現腸息肉,目前認為80%的腸癌都是由腸息肉演變而來的,因此及時發現並及時治療可以預防腸癌的發生。