子宮肌瘤微創手術雖然在治療中起到了積極的作用，但是手術後患者也需要面臨著一些後遺症的問題。這些後遺症包括兩種：近期後遺症和遠期後遺症。
近期後遺症包括腹痛、腹脹、發熱以及少量陰道出血。這些症狀都是手術後正常的反應。患者應該以清淡易消化的食物為主，少量多餐，並逐漸增加食物的種類和量。對於發熱，患者應該觀察3-5天，一般會恢復正常。而少量陰道出血則需要慢慢恢復。
遠期後遺症則需要根據術式進行具體分析。宮腔鏡子宮肌瘤電切術一般不會有後遺症。然而，如果肌瘤較大，佔據子宮肌壁間的範圍較廣，術後可能會有宮腔粘連的風險。多發子宮肌瘤採用腹腔鏡剝除後，微小肌瘤可能會有殘留並在術後快速長大。無論是採用陰式還是腹腔鏡肌瘤剝除術後，子宮肌壁都會殘留一箇或多箇小洞，有些癒合欠佳會存在肌壁較為薄弱。這可能會導致在再次懷孕時風險增高。而懷孕後人流時，子宮壁穿孔、漏吸的風險也會增加，瘢痕處妊娠將來會導致子宮破裂出血，危及生命。
做全切術後，部分病人還可能出現陰道脫垂問題。雖然以上問題發生機率很小，但術後仍需要注意。患者術後應及時下床活動，促進腸蠕動，加強營養，增強體質，避免腸粘連。同時，患者術後應適量活動，控制時間和強度，兩個月內應該小量多次地進行活動，避免乾重活，注意多休息，保證充足的睡眠和衛生。術後兩個月內應避免性生活。透過專業的術後護理，患者可以使術後恢復更加順利，並減輕後遺症的風險。