頭痛的原因是多種多樣的。其中包括緊張性頭痛、血管性頭痛、中樞性頭痛、其他器官引起的頭痛以及良性的功能性頭痛。
緊張性頭痛是由於情緒緊張、激動或者勞累、熬夜之後出現的一種頭痛。它常表現為頭頂上戴了個帽子，呈緊張性、金箍樣頭痛的症狀。血管性頭痛主要與血管擴張、牽拉所引起的頭痛有關，比如臨床上常見的偏頭痛，則歸納為血管性頭痛。
中樞性頭痛則多由中樞神經系統疾病所致。常見的包括腦血管疾病、中樞神經系統感染即中樞神經系統炎症，如腦炎、腦膜炎等。除此之外，還有顱內佔位性疾病，如中樞神經系統腫瘤，包括良性或者惡性腫瘤所引起的頭痛。
其他器官所引起的頭痛也很常見，比如五官疾病所致的頭痛，包括眼源性疾病，如青光眼，可因眼內壓增高而導致頭痛；耳源性頭痛，如中耳炎等導致的頭痛；齒源性頭痛，如牙齒、牙周疾病引起的頭痛；鼻源性鼻旁竇疾病導致的頭痛，常在清早起床時變換體位出現；頸椎疾病導致的後枕部疼痛，即枕大神經痛；顱神經疾病導致的頭痛，常見的是三叉神經痛，主要是前額疼痛，很少超過中線範圍。
如果出現良性的功能性頭痛，患者可以放心。但是也要由專科醫生鑑定，不是患者本人就能完全確定。這種良性功能性頭痛大多是由於偶爾熬夜或者緊張引起，休息之後很快可以恢復，沒有其它症狀。針對這些疾病，建議患者儘早到醫院找專科醫生進行診治。