先天性巨結腸手術的嚴重程度決定於其病變嚴重程度。短段型和超短段型不需要手術，而非手術擴肛治療能顯著改善病情。
一般情況下，常見的6個月大的小孩可以接受手術。對於長段型或全結腸型，需要在新生兒期解決。手術方式有兩種，有些醫生建議造瘻，這是一箇方法，因為手術對於小孩來說是一種巨大的打擊，對小孩的恢復不利。造瘻的方法不太成熟，技術條件較好的醫院可以一次性處理手術，這可以避免腸道造口的併發症，如腸管脫出、回縮和造瘻口皮炎。已有300多例擁有新生兒期手術的患者，這些患者沒有遇到嚴重的問題，有些小於20天的嬰兒已經完成手術。術前準備是這種手術與其他手術不同之處。對於較大的小孩，一般需要腸道準備。腸道準備的目的是為了在手術期間將大便洗淨，新生兒5-7天可以開始洗腸，而對於6個月以上和1歲以上的小孩，洗腸需要持續2個星期。洗腸的目的是使腸道內的物質清潔乾淨。除洗腸外，還需進行3天腸道用藥，殺滅腸內的大腸桿菌和其他厭氧菌可以有效減少術後的併發症。此外，術前需要檢查肝功能、心電圖，觀察有無心臟病或其他內科疾病，如腦積水等，並做出相應的處理。
如果患者貧血明顯，則需要糾正貧血；如果患者存在低蛋白血癥或長期營養不良，則需要糾正。如果併發有嚴重心臟病或其他內科疾病，則可以暫緩手術。