明確癲癇型別後，可以有針對性地進行藥物治療，規範使用藥物6個月，若兩種聯合用藥無效，則考慮為藥物難治性癲癇。對於這種型別的癲癇，可以考慮進行手術評估，透過手術治療，大多數藥物難治性癲癇可以獲得良好的控制效果。
藥物難治性癲癇是否能根治，實際上無法保證，但手術的效果與癲癇型別有關。對於明確的顳葉癲癇患者，一般認為手術能夠達到80%以上的根治可能性。根據山西省人民醫院癲癇中心的手術資料，顳葉癲癇的效果要優於其他型別的癲癇。
馬久紅主任強調，癲癇病因越清楚，根治的可能性就越大。目前癲癇手術有多種型別，例如顳葉癲癇可以透過手術切除顳葉和顳葉內側結構進行治療。另外還有一些微創手術，如島葉癲癇，可以透過熱凝治療來取得良好效果。對於半球型癲癇，可以透過離斷手術進行治療。總的來說，癲癇手術的主要方法包括病灶切除術、功能離斷術、丘腦前核的電刺激術等。不同癲癇患者的治療方法也不同。
癲癇手術的適應症主要針對頑固性癲癇，頑固性癲癇的定義是指患者發作時間超過兩年，每月發作次數大於兩次，並且透過CT和核磁檢查能夠明確病灶存在。當然，有些患者可能沒有找到病灶，這類患者仍然有潛在的病灶，只是現有技術無法正確找到。隨著醫療技術的發展，這類患者可以透過PET和核磁共同檢查詢到病灶的區域，再結合SEEG電極植入技術，透過機器人植入電極來定位癲癇起源的病灶，這對手術治療具有很好的指導作用。