自身免疫性腦炎的治療涉及多箇方面。首先，對於與腫瘤相關的患者，需要進行腫瘤切除和其他抗腫瘤治療措施。此外，病人還需要進行對抗癲癇發作和精神症狀等症狀的治療，同時進行一般性的支援治療和康復治療。免疫治療分為一線、二線和長程免疫治療。在一線免疫治療中，常用的藥物有糖皮質激素、靜脈注射用的免疫球蛋白和血漿交換。而二線免疫治療則使用利妥昔單抗和靜脈注射的環磷醯胺，主要適用於一線治療效果不佳的患者。長程免疫治療藥物包括嗎替麥考酚酸酯和硫唑嘌呤，主要用於復發病例。
針對腫瘤治療，對於被診斷為抗NMDA受體腦炎的患者，一旦發現存在卵巢畸胎瘤，應儘快進行切除。對於未發現腫瘤但是年齡在12歲以上的女性，建議在發病後的4年內，每6-12個月進行盆腔超聲檢查。如果自身免疫性腦炎合併惡性腫瘤，應尋求相關專科的抗腫瘤治療。在抗腫瘤治療期間，一般需要繼續進行對自身免疫性腦炎的免疫治療，以一線免疫治療為主。
對於合併癲癇的治療，由於自身免疫性腦炎的癲癇對抗癲癇藥物反應較差，可以選用廣譜抗癲癇藥物，如苯二氮卓類、丙戊酸鈉和左乙拉西坦等。
對於精神症狀的控制，可選擇奧氮平、氯硝西泮、丙戊酸鈉和喹硫平等藥物。需要注意藥物對意識水平的影響，以及可能出現的錐體外系不良反應。免疫治療開始生效後，應及時減少或停止抗精神病藥物的使用。具體的治療方案應根據病人的個體情況制定，並以醫生的具體指導為準。