卵巢囊腫的確診及其良性和惡性的評估可以透過以下檢查方法進行：
1、B超檢查：使用腹部彩超或陰道超聲檢查可對卵巢囊腫進行確診，準確率可達90%。為了更好地判斷囊腫的性質，B超檢查應儘量避開排卵期，在月經乾淨的1周內進行。超聲檢查能夠顯示卵巢囊腫的形態、大小、數量、內部特性、分隔情況以及血流訊號。
2、CT和核磁共振：CT和核磁共振可以更清晰地觀察卵巢囊腫的形態以及是否有淋巴結轉移。良性囊腫大多邊界清晰、光滑，通常沒有淋巴結增大；而惡性腫瘤的輪廓多數不規則，與周圍組織界限不清，常伴有腹水以及淋巴結增大。
3、腫瘤標誌物檢查：如果囊腫為惡性卵巢腫瘤，它與其他腫瘤一樣能夠產生和釋放多種抗原、激素和酶等物質。這些物質可透過免疫學和生化等方法在患者的血清中檢測出來，稱之為腫瘤標誌物。腫瘤標誌物陽性常提示體內可能存在某種腫瘤，如CA125標誌物對卵巢腫瘤較為敏感。AFP是內胚竇瘤最好的標誌物，未成熟畸胎瘤患者的AFP水平也會升高。AFP的升高通常先於臨床表現，對診斷和術後復發監測具有重要意義。此外還有激素標誌物，其中最常用的是絨毛膜促性腺激素（HCG），它是妊娠滋養細胞疾病的高特異性標誌物。卵巢絨癌患者的血清濃度也會升高。顆粒細胞瘤和卵泡膜細胞瘤患者，雌激素水平往往升高。30%的睪丸母細胞瘤患者尿中17-酮類固醇的排出量明顯增加。酶標誌物乳酸脫氫酶（LDH）在卵巢惡性腫瘤患者中的排出量也會增高。
4、腹腔鏡檢查：腹腔鏡能夠直接觀察腫物的整體情況，並觀察整個盆腹腔，對囊腫的形態、結構以及與周圍組織的關係進行直觀判斷，並在可疑區域進行多點活檢。