CT檢查適用於幾乎所有的器質性疾病,尤其是在密度差異較大的器官和佔位性病變的定性診斷中效果顯著。例如,在腦部疾病中,CT能夠很好地檢測腫瘤、出血和梗死等病變。而在胸部疾病中,由於肺部含氣較多,不論是炎症還是腫瘤,在CT掃描中與含氣肺組織之間的對位元別明顯,因此檢查效果也很好。此外,CT還可以用於縱隔疾病的診斷以及周圍大血管和脂肪之外的病變的診斷。對於腹部器官如肝臟、膽囊、胰腺、脾臟和腎臟的腫瘤和結石,CT也可以提供明確的診斷。儘管CT對子宮或前列腺的顯示效果較差,但透過觀察器官的整體形態變化,仍然可以預測疾病並進行進一步的檢查。
然而,CT對於瀰漫性病變,尤其是神經系統變性疾病的診斷效果較差。在胃腸道疾病中,由於胃腸道內部空虛且胃壁較薄,CT的顯示效果不如胃鏡,但可以透過CT瞭解腫瘤的侵犯範圍和是否存在遠處轉移。
總體而言,CT檢查具有較好的效果。對於大血管病變,例如冠狀動脈、主動脈和下肢血管,透過增強掃描和三維重建,CT能夠展現類似於血管造影的效果,提供較好的檢查效果。