濫用抗菌藥物的直接後果是增加藥物不良反應的概率。這些反應包括胃腸道反應(如噁心、嘔吐)、過敏反應(如皮疹或過敏性休克)、血液系統毒性(如白細胞、血小板減少、凝血功能異常)以及心肝腎功能的損害。長期使用廣譜抗菌藥物可能導致菌群紊亂,進而引發二次感染,包括致死性難辨梭菌感染等。最長遠的影響是在抗菌藥物選擇壓力下,導致之前無法被殺滅或對抗菌藥物產生耐藥性的菌群定植並生長。
一旦免疫功能降低,尤其是血糖控制不佳的糖尿病患者、高齡者、長期使用激素或免疫抑製劑患者,這些耐藥菌定植很有可能演變成致病菌,成為下一次感染性疾病的主要來源。這會給治療帶來更大的困難和醫療費用,並增加耐藥菌的傳播風險對他人造成威脅。