由於目前對於SAPHO綜合徵的病因和發病機制尚未完全明確，並且缺乏大規模臨床試驗，所以治療方法主要以經驗治療為主，可分為藥物治療和手術治療兩大類。
一、藥物治療：
1、非甾體類抗炎藥（NSAIDs）：如布洛芬，通常作為首選藥物用於緩解疼痛，並可用於診斷階段的一線治療。長期使用需注意胃腸道的出血、潰瘍和穿孔風險。
2、關節內或全身性皮質類固醇：在大多數患者中具有短期有效性，但長期使用可能導致庫欣綜合徵，並在停藥後面板和/或骨骼病變經常復發。
3、抗生素：感染可能是其中一種誘因，治療時可考慮使用抗生素，如頭孢類抗生素、克林黴素等。但只有少數患者對此類藥物有反應，並且該效果通常是有限的，在停藥後症狀可能會復發。
4、雙膦酸鹽：在治療SAPHO綜合徵中具有一定療效，並且很少有關於面板不適或誘發病情惡化的報道。
5、維A酸類藥物：對於患者出現痤瘡、化膿性汗腺炎等面板病變時，可考慮應用該類藥物進行治療。
6、生物製劑：
（1）抗TNF-α藥物：透過阻斷TNF-α的作用並誘導表達TNF-α的T細胞凋亡來發揮作用。對於對常規藥物無反應或難治的SAPHO病例來說，抗TNF-α藥物已被證明在標準劑量下對骨骼、面板和關節表現具有療效。
（2）抗IL-1藥物：透過抑制IL-1的訊號傳導來發揮作用。目前，已有少數發表的研究證明該藥物在部分患者中有效，但仍需要更多的研究結果。
二、手術治療：
手術是治療SAPHO綜合徵的備選治療方法之一。對於某些快速進展性破壞性脊椎炎患者，不適宜僅採用保守藥物治療，而應及時進行手術。有研究者使用關節鏡下滑膜切除術治療難治性膝關節滑膜炎，使用全髖關節置換術治療疼痛劇烈且活動明顯受限的髖關節炎，在這些患者中取得了較為滿意的療效。
三、其他治療：
目前，新型的抗IL-1拮抗劑或IL-17阻斷劑已成為治療最難治療的SAPHO病例的選擇。然而，關於這種罕見疾病是否使用生物藥物或小分子藥物的雙盲隨機對照研究仍在等待中。