核磁共振（MR）和計算機斷層掃描（CT）都屬於斷面成像技術，然而兩者的成像原理有所不同。CT是計算機斷層掃描的簡稱，採用X射線成像，因此具有一定的輻射風險；而MR檢查則是基於體內質子（即氫原子）及其他特性的成像技術，沒有X射線輻射。兩者均可用於全身各部位的檢查，然而CT和MR各自擁有各自的優缺點。
首先談及MR，它對於顱腦、脊髓（即神經系統）以及韌帶、肌肉等的顯示較為清晰；MR可以直接進行多方向成像，而且各方向的影象質量相等且較高；MR使用的引數較多，利於判斷病變組織的來源，有助於病變性質的鑑定；相對來說，MR使用的對比劑較為安全。而CT的對比劑使用有相應的禁忌症，可選用MR增強掃描來代替CT增強掃描。然而，MR對於骨皮質鈣化和氣體的顯示效果並不理想；MR檢查時間較長，通常需要半小時以上，容易產生偽影，不適用於急診檢查；此外，MR檢查的價格較高，是CT檢查價格的3-4倍，無法在基層醫院進行普及。這些即是MR的優點和缺點。
現在來討論CT，CT對於骨皮質鈣化和氣體的顯示較好，但在軟組織分辨方面不及MR。CT檢查時間較短，通常可以在2-10分鐘內完成，較適用於急診情況；然而，CT最大的缺點是存在射線輻射，不能隨意應用於孕婦和新生兒的檢查。以上即是CT的優點和缺點，可以看出CT與MR之間的區別。