出血性腸炎的治療可大致分為兩種方法，即非手術治療。非手術治療包括一般治療，主要包括注意休息和禁食。在腹痛、便血和發熱期間，患者應該完全臥床休息和禁食，直到嘔吐停止、便血減少、腹痛緩解後方可逐漸開始進食流質飲食，並逐漸增加食物攝入量。在禁食期間，靜脈補充高營養液是必要的，常用的高營養液包括10％的葡萄糖、複方氨基酸和水解蛋白等。過早進食可能導致疾病復發，但過晚恢復進食又可能影響營養狀況和延遲康復。對於腹脹和嘔吐嚴重的患者，可以進行胃腸減壓治療，對於腹痛可以給予解痙藥物。
此外，對於水電解質紊亂也要給予重視和糾正。在這種疾病中，患者常常存在水分、鈉和鉀的丟失，根據患者的具體病情，合理給予輸液治療，並調整輸液總量和輸液成分。
此外，對於休克要及時進行抗休克治療，迅速補充有效的血容量。除了補充晶體溶液外，還可以適當輸注血漿、新鮮全血和人體血清白蛋白等膠體溶液。對於血壓不升的患者，可以配合使用血管活性藥物進行治療。
此外，聯合抗生素治療也是必要的，可以控制腸道內的感染，減輕臨床症狀。常用的抗生素包括氨基苄青黴素、氯黴素、慶大黴素和卡那黴素。
此外，應用腎上腺皮質激素可以減輕中毒症狀、抑制過敏反應，並對糾正休克也有幫助，但是需要注意激素使用可能會加重腸出血和引發腸穿孔的危險。
最後，對於疼痛要進行對症治療。對於伴有高熱和煩躁的患者，可以給予吸氧、解熱藥、鎮靜藥，並採取物理降溫措施。如果內科治療無效，可以考慮手術治療的選擇。