隱匿性陰莖的檢查專案分為體格檢查和陰莖海綿體造影兩部分。體格檢查又將陰莖分成了分根、體、頭三個部分,其構成包括背側的兩個陰莖海綿體和腹側的尿道海綿體。兩側的陰莖海綿體在恥骨聯合前下方開始合二為一,呈兩端尖的圓鈍體。尿道海綿體為細長圓鈍形,其前端稱為龜頭,呈冒狀套於兩陰莖海綿體之尖端。透過體格檢查,醫生可以初步判斷是否存在隱匿性陰莖。
陰莖海綿體造影是透過X光檢查,觀察陰莖腳與坐骨下支是否分離,以及陰莖靜脈系統是否顯影來確定陰莖異常的型別。常見的陰莖靜脈漏型包括陰莖背靜脈漏型、陰莖腳漏型、海綿體間隔漏型、異位靜脈漏型、海綿體型和混合型。陰莖背靜脈漏型指陰莖背靜脈無法承載迴流的血液,從而出現靜脈曲張;陰莖腳漏型指一側陰莖靜脈系統和另一側分離,從而導致充血,海綿體間隔漏指血液流入海綿體間隔而導致的靜脈曲張;異位靜脈漏型是指陰莖靜脈流入其它非正常管道中,造成血流乾擾。陰莖海綿體造影可較為準確地確認陰莖靜脈漏診斷,為後續治療提供依據。