雖然孕婦服用抗癲癇藥物會顯著增加先天性畸形的發生率，但如果不使用抗癲癇藥物，癲癇發作，特別是全身驚厥性發作或強直-陣攣發作，則有可能對母體造成外傷、流產甚至更嚴重的後果。癲癇發作對胎兒的影響遠遠超過抗癲癇藥物引起畸形的危險性。
對於決心要生育的癲癇患者，妊娠期仍需要繼續抗癲癇藥物的治療。大多數患者在專科醫生的指導下，當癲癇得到較好控制後，可以正常妊娠和分娩。
對於有生育計劃的癲癇女性患者，應該遵循基本的治療原則，即選擇對病情最有效且耐受性最好的藥物。在病情允許的情況下，儘可能使用低劑量的單一藥物進行治療，或者儘量減少使用藥物的種類，將致畸風險高的藥物換成較為安全的藥物。如果患者已經懷孕，就不再建議改變藥物。患者必須具備2年以上沒有癲癇發作的條件，才能考慮逐漸停藥，並且必須嚴格遵循普通癲癇患者停藥的基本原則。
許多患者擔心癲癇會遺傳給下一代。癲癇並非遺傳病，但是癲癇有遺傳因素，當受到誘發因素時可能會發作。癲癇的遺傳評估除了調查家族史外，還應進行基因和染色體篩查，以提高診斷的準確性。
如果癲癇患者的父母一方或雙方都有癲癇，並且患者本人也曾生過患有癲癇的子女，那麼患者不宜再生育。如果沒有癲癇家族史，則患者除了進行常規的產前檢查外，還應定期就診，以便更快地控制癲癇病情。