【R语言】完美解决devtools安装GitHub包失败的问题（以gwasglue为例）

2023-09-21 02:52:50
  • Rstudio，R4.3.1，命令在Rstudio的命令行即console中运行。

文章目录

一、问题复述

使用devtools安装一个github的包。

devtools：

devtools 是 R 语言中一个非常有用的包，它提供了一套工具和函数，用于开发、测试和维护 R 包，devtools 可以帮助 R 包的开发人员更轻松地进行包的创建、文档编写、测试和发布等任务。 devtools 的一些主要功能和用途：

  1. 创建新的 R 包： devtools 提供了一个函数 create()，可以用于创建新的 R 包的框架，包括必要的目录结构和文件。

  2. 加载和安装包： devtools 提供了 load_all() 函数，它可以加载包的最新版本到 R 会话中，使开发者可以更快速地测试和调试包的功能。此外，install() 函数可以用于安装包。

  3. 文档编写： devtools 提供了 document() 函数，用于自动生成包的文档，包括 Roxygen2 风格的注释，这些注释可以用于生成包的帮助文档。

  4. 测试： devtools 通过 test() 函数支持包的测试，开发者可以编写测试用例来确保包的功能正常工作。这有助于减少错误和提高包的质量。

  5. 检查和验证包： devtools 提供了 check() 函数，它可以运行 R CMD check 命令，用于检查包是否符合 CRAN（Comprehensive R Archive Network）的要求，以便发布到 CRAN 上。

  6. 发布和分享包： 一旦开发者完成了包的开发和测试，devtools 提供了 release() 函数，用于将包发布到 CRAN 或其他 R 包仓库。

  7. 包的依赖管理： devtools 还支持包的依赖关系管理，可以帮助开发者管理包的依赖关系，确保包在不同环境中的兼容性。

安装devtools，和安装其他包一样的：

install.packages("devtools")

使用devtools安装GitHub的包：

devtools::install_github("mrcieu/gwasglue")

报错：

在这里插入图片描述

二、分析

首先看报错信息，这是解决编程问题最基本的步骤。

我先看的时download xxxx failed。这个问题通常时网络问题，但是我的电脑不可能出现这种问题😉

但是，读者需要先解决网络问题，首先确保你的电脑能流畅访问GitHub，最简单的方法就是修改hosts文件（本地dns缓存，就是把github的域名解析陈ip地址，github有很多ip地址（CDN），有的ip地址是网络可以直接访问的）。如果你的网络有问题，又不太会修改hosts文件，直接下载我的小程序就可以修改了：https://download.csdn.net/download/weixin_43764974/87405879

或者你直接开代理（如果你会搭建或者有其他的话）。

排除了网络问题，报错信息就剩一行了：

Error in utils::download.file(url, path, method = method, quiet = quiet,

我这方面有点经验，一眼就觉得 utils的method 可能存在问题。

utils：

utils是R语言的一个基础包，它提供了一些有用的函数，用于编程和开发R包。utils包的功能包括：

  • 数据导入和导出，例如read.table、write.table、read.csv、write.csv等。
  • 数据探索和处理，例如str、summary、head、tail、View等。
  • 帮助文档的查看和管理，例如help、help.search、browseVignettes等。
  • R包的安装和更新，例如install.packages、update.packages、available.packages等。
  • R会话的管理和配置，例如q、save、load、options、sessionInfo等。
  • 其他一些实用的工具，例如combn、choose、menu、timestamp、txtProgressBar等。

OK，问题已锁定👌

三、解决

既然是utils的method有问题，就先看看method的值：

Rstudio的命令行输入：

getOption("download.file.method")

输出的method值可能是：

  • “internal”：使用R内置的函数来下载文件，这种方法适用于所有平台，但不支持https://和ftps://协议，也不支持重定向和缓存控制。
  • “wininet”：使用Windows操作系统上的WinINet函数来下载文件，这种方法只适用于Windows平台，支持https://协议和一些重定向，但不支持ftps://协议和缓存控制。
  • “libcurl”：使用libcurl库来下载文件，这种方法需要R编译时支持该库，支持https://和ftps://协议和重定向，也支持同时下载多个文件。
  • “wget”：使用Wget工具来下载文件，这种方法需要在系统上安装Wget程序，并在可执行文件的搜索路径中，支持https://和ftps://协议和重定向，但会阻塞R进程直到完成。
  • “curl”：使用Curl工具来下载文件，这种方法需要在系统上安装Curl程序，并在可执行文件的搜索路径中，支持https://和ftps://协议和重定向，但会阻塞R进程直到完成。
  • “auto”（默认值）：R将根据操作系统和配置自动选择下载方法，在Unix类似平台上使用"libcurl"方法，在Windows平台上使用"wininet"方法。

我的默认值是libcurl，通过测试，修改为wininet即可成功下载。（至少curl和wget你不应该感到陌生）

可以在命令行输入：

options(download.file.method = "wininet")

不过这是暂时的，下一次打开Rstudio就失效了，需要修改R的配置文件。

R配置文件：

R的配置文件是一些用来设置R环境和选项的文本文件，它们可以在不同的位置和级别存在，例如R安装目录、用户目录或当前工作目录。R启动时会按照一定的顺序读取这些配置文件，并执行其中的代码。

R的配置文件主要有以下几种：

  • Rprofile.site：这是一个站点级别的配置文件，它位于R安装目录的etc子目录中，例如C:\Program Files\r\r-n.n.n\etc\Rprofile.site。这个文件会在每次启动R时最先被读取，它可以用来设置全局的选项或变量。
  • .Renviron：这是一个用来设置环境变量的配置文件，它可以位于R安装目录、用户目录或当前工作目录中，例如C:\Program Files\r\r-n.n.n\etc\.Renviron、C:\Users\username\.Renviron或D:\project\.Renviron。这个文件会在每次启动R时紧接着Rprofile.site被读取，它可以用来告诉R在哪里寻找外部程序或资源。
  • .Rprofile：这是一个用来设置用户或项目级别的选项或变量的配置文件，它可以位于用户目录或当前工作目录中，例如C:\Users\username\.Rprofile或D:\project\.Rprofile。这个文件会在每次启动R时最后被读取，它可以用来自定义用户信息或加载特定的包。

修改Rprofile.site这个文件，在最后一行添加：

options(download.file.method = "wininet")

在这里插入图片描述

保存，重新打开Rstudio，查看method：

> getOption("download.file.method")
[1] "wininet"

修改完成。

现在就可以安装GitHub的包包了。

四、安装示例：gwasglue

gwasglue是一个R程序包，它可以将GWAS（全基因组关联分析）的数据源连接到R中的各种分析工具，例如用于共定位、精细定位、孟德尔随机化、可视化等的工具。gwasglue的目的是为了方便用户在不同的软件包之间转换和分析GWAS数据，而不需要进行复杂的格式转换或数据处理。

gwasglue目前支持以下数据源和分析工具：

  • 数据源：ieugwasr（用于从IEU GWAS数据库中检索GWAS数据）和gwasvcf（用于从VCF文件中读取GWAS数据）。
  • 共定位：coloc（用于检测两个或多个表型之间的共同遗传变异）和HEIDI（用于检测异质性）。
  • 精细定位：finemapr（用于调用FINEMAP软件进行精细定位）、PAINTOR（用于整合功能注释信息进行精细定位）和CAVIAR（用于计算后验概率进行精细定位）。
  • 孟德尔随机化：TwoSampleMR（用于进行双样本孟德尔随机化分析）、MendelianRandomization（用于进行单样本孟德尔随机化分析）、RadialMR（用于进行径向孟德尔随机化分析）和MRPRESSO（用于检测异常值和方向性异质性）。
  • 可视化：gassocplot（用于绘制基因组关联图）。

GitHub给你的安装命令是：

devtools::install_github("mrcieu/gwasglue")

现在，安装还会有一些小问题：

第一个是devtools与GitHub之间的连接问题，直接使用devtools，一小时只允许下载文件60次。安装gwasglue需要几百个依赖包、文件。

报错：
Error: Failed to install ‘unknown package’ from GitHub:
HTTP error 403.
API rate limit exceeded for 113.250.229.180. (But here’s the good news: Authenticated requests get a higher rate limit. Check out the documentation for more details.)
Rate limit remaining: 0/60
Rate limit reset at: 2023-09-20 17:12:21 UTC
To increase your GitHub API rate limit
- Use usethis::create_github_token() to create a Personal Access Token.
- Use usethis::edit_r_environ() and add the token as GITHUB_PAT.

可以看到次数已经用完了，解决方法也告诉你了，贴心😘

运行：

usethis::create_github_token()

会转到github，引导你创建个人访问令牌，跟着弄就行了：
在这里插入图片描述

回到命令行：

usethis::edit_r_environ()

会在编辑区域打开配置文件，添加：

GITHUB_PAT = ghp_08szR5HyYyfsueh48（你的令牌）

在这里插入图片描述

现在每个小时应该是有5000次下载次数，随便霍霍。

不过安装gwasglue还有问题，

报错：

ERROR: dependency ‘gwasvcf’ is not available for package ‘gwasglue’
removing ‘D:/R/R-4.3.1/library/gwasglue’

要先安装gwasvcf，当你直接安装它，又会提示你需要安装xxxxxxxxxxxxx，套娃~

安装gwasvcf包时，缺少一些生物信息学相关的依赖包。这些依赖包是一些用于处理基因组数据的R包，它们属于Bioconductor项目。Bioconductor是一个用于分析高通量基因组数据的开源软件项目，它提供了一些专门的R包和工具。

步骤：

  • install.packages("BiocManager") # 安装BiocManager包

  • BiocManager::install(c("BiocGenerics", "Biostrings", "GenomeInfoDb", "GenomicRanges", "IRanges", "Rsamtools", "S4Vectors", "SummarizedExperiment", "VariantAnnotation")) # 安装依赖包

  • 在安装gwasvcf包时，使用build_vignettes参数来跳过构建vignettes的步骤。vignettes是一些用于展示R包功能和用法的文档，它们可能需要一些额外的依赖包。如果不需要查看vignettes，使用以下命令来安装gwasvcf包：

  • devtools::install_github("mrcieu/gwasvcf", build_vignettes = FALSE) # 安装gwasvcf包，不构建vignettes

在这里插入图片描述

现在再安装就OK了：

devtools::install_github("mrcieu/gwasglue")

在这里插入图片描述

注意，安装过程可能会有这个问题:

9: In download.file(url, destfile, method, mode = "wb", ...) :
  the 'wininet' method is deprecated for http:// and https:// URLs

mode=“wb”，而url是http，websocket是不支持http链接的（又是考验知识积累的时候了哟），在设置里面允许不安全即可：Tools--Global options...

在这里插入图片描述

总结：多看报错信息，当然，需要结合一定的综合知识积累。


把 永 远 爱 你 写 进 诗 的 结 尾 ~

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