在下蹲時膝蓋發出咔咔聲並感到疼痛可能是由於骨關節炎、髕骨軟化症、類風溼性關節炎、半月板損傷等原因所致。如果症狀較嚴重，建議儘快就醫到骨科進行相應檢查，然後進行相應治療。
1、骨關節炎是一種退行性病變，通常是由於老齡化、肥胖、損傷、先天性關節異常、關節畸形等多種因素引起的關節軟骨的退化損傷。膝關節承擔著持續的負重活動，因此易於發生區域性骨骼退變，從而導致膝蓋在下蹲時出現骨面摩擦，產生聲音和疼痛。患者可以在醫生的指導下口服布洛芬緩釋膠囊、氨糖軟骨素等藥物治療，並減少關節負重和過度運動以延緩病情的進展。
2、髕骨軟化症是由於關節區域性受到外傷或慢性磨損後，髕骨軟骨面發生區域性軟化和纖維化，軟骨會碎裂吸收，軟骨下的骨質暴露，與周圍關節在下蹲時摩擦會產生彈響，同時伴有疼痛和腫脹等症狀。患者可按醫囑口服塞來昔布膠囊、氨糖軟骨素等藥物治療。
3、類風溼性關節炎是由於類風溼因子的作用，膝關節區域性發生炎症反應，導致大量炎性分泌物產生，引起區域性腫脹和疼痛，還可能導致關節僵硬。因此，在下蹲時膝關節的彈響明顯。患者可按醫囑口服來氟米特片、甲氨蝶呤片、潑尼松龍片等藥物緩解症狀。
4、半月板損傷如果患者存在半月板損傷，半月板容易卡住，導致半月板穩定性下降，下蹲時容易出現膝關節的彈響，同時伴有膝蓋疼痛、腫脹和活動受限等症狀。患者可按醫囑服用美洛昔康膠囊、骨康膠囊等藥物治療。在半月板損傷較嚴重時，可能需要進行手術治療。
除了上述因素，膝蓋下蹲時發生骨折也可能導致症狀。患者需要及時就醫到骨科進行石膏固定或小夾板固定處理。症狀嚴重時可能需要進行手術治療。