男性不育可能由多種疾病引起，包括隱睪症、沙眼衣原體感染、支原體感染、腮腺炎後遺症和精索靜脈曲張等。
隱睪症指的是睪丸位置異常或未能降至陰囊。過去，認為只有雙側睪丸未能降下才會影響生育能力，但近年來發現，單側隱睪的不育率超過67%。儘管從理論上講，單側睪丸完全可以代償兩個睪丸的功能，但事實上，單側隱睪由於受溫度影響，會產生抗精子的某種抗體，從而使對側正常的睪丸失去製造精子的功能。這種被稱為“血睪障礙”的不育症也增加了發生睪丸腫瘤的風險。然而，由於對傳統觀唸的錯誤認識，單側隱睪的問題通常在婚後才被髮現，此時治療效果往往不及兒童時期。
沙眼衣原體感染會引起男性尿道炎、輸精管炎和附睪炎，進而導致性功能障礙。由於輸精管炎會減弱精子的活力，因此引起了不育問題。
研究發現，許多男性不育與各類病毒和細菌感染有關，例如腮腺炎病毒、淋球菌、大腸桿菌、金黃色葡萄球菌、白色葡萄球菌以及介於病毒與細菌之間的支原體感染等。其中，支原體感染佔比達29.1%。支原體是一種微生物，常寄生於人體各處，尤其是女性陰道和子宮頸。在性接觸後，支原體會轉移到男性的泌尿和生殖系統內。一般情況下，男性攜帶支原體不會引發病症，但可能出現尿頻、尿急和膿性分泌物等急性症狀。雖然這種病症屬於慢性感染，無特殊症狀，但會導致不育。
流行性腮腺炎病毒除了會在腮腺中引起症狀外，還會在人體的生殖器官、神經組織和胰腺等器官中產生相應的表現。當侵犯睪丸時，會導致睪丸發炎，表現為睪丸腫脹和疼痛，伴有發燒、寒戰、噁心、嘔吐等全身症狀。如果只出現以上症狀，問題不大，嚴重的問題在於流行性腮腺炎病毒會導致睪丸組織萎縮，進而破壞精曲細管。如果雙側睪丸都受到病毒破壞，就會引發終生不育，並且難以治癒。
精索靜脈曲張是指精索內靜脈本身存在先天性瓣膜功能不全或不良，加上後天因素導致該靜脈內壓力升高，形成盤狀擴張。這使得該靜脈的血液迴流受阻，導致睪丸的營養和供氧不足，內分泌功能紊亂，睪丸酮水平下降，進而抑制精子生成。
此外，陰囊炎、慢性前列腺炎和各種精子異常也可能引發男性不育。