月經不來的病因非常複雜，需要進行全面的身體治療。這包括積極治療全身性疾病、提高機體的身體素質、提供足夠的營養以及維持標準體重。對於運動性閉經的患者，應適當減少運動量；而透過應激和精神因素引起的閉經，則需要進行耐心的心理治療，以消除精神緊張和焦慮。治療腫瘤、多囊卵巢綜合徵等引起的閉經，應該根據病因進行相應的治療。
在明確了病變環節以及病因之後，可以採取相應的激素治療方法，以補充體內激素的不足，或者抑制其過多而達到治療的目的。目前，激素補充治療的目標是維持女性的整體健康和生殖健康，其中包括心血管系統、骨骼及骨代謝、神經系統等方面，同時促進和維持第二性徵的發育和月經的正常進行。
對於治療方法，可以採用雌激素補充治療，適用於無子宮的患者；而對於有子宮的患者，則可以採用雌激素和孕激素的人工週期療法；孕激素療法適用於體內具有一定內源性雌激素水平的一度閉經患者；對於有生育需求的患者，可以採用促排卵療法；對於因先天性腎上腺皮質激素增生引起閉經的患者，則可以使用腎上腺皮質激素；對於因甲狀腺功能減退引起閉經的患者，則可以使用甲狀腺素；而溴隱亭作為一種多巴胺激動劑，則適用於垂體功能異常導致泌乳素水平增高而引起閉經的患者。