出現發燒39℃、拉肚子的症狀常見於急性胃腸炎、胃腸型感冒或潰瘍性結腸炎急性發作等。為了明確病因，應該進行血常規、便常規、腸鏡等檢查，並給予相關治療。
1、對於急性胃腸炎而言，它是由不同原因引起的急性胃腸黏膜炎症，微生物感染是常見的原因。感染會導致患者發熱，胃腸道功能受損引起腹痛、腹瀉、噁心、嘔吐等消化道症狀，並伴隨著發燒39℃、拉肚子的症狀。血常規、便常規和便培養等檢查可以對病原體進行初步研究。抗感染治療是該病最重要的治療方法，應根據大便細菌培養和藥敏結果選擇有效的抗生素。對於成人患者，可優先選擇喹諾酮類藥物，如鹽酸左氧氟沙星膠囊和鹽酸環丙沙星片等。
2、胃腸型感冒是臨床上一種流行的說法，指的是上呼吸道感染時，病毒通常透過消化道進入胃腸道，引起胃腸道反應，包括腹瀉、噁心、嘔吐等症狀。上呼吸道感染也可能會導致發熱，出現發燒39℃並伴有拉肚子的症狀。一般情況下，治療感冒即可，常用藥物包括藿香正氣丸和阿昔洛韋片等。
3、潰瘍性結腸炎是一種慢性非特異性腸道炎症性疾病。在急性發作期，患者排便頻次明顯增多，常伴有發熱，可能出現發燒39℃和拉肚子的症狀。高熱往往提示病情進展、嚴重感染或併發症的存在。結腸鏡檢查是診斷和鑑別診斷潰瘍性結腸炎的重要方法。5-氨基水楊酸製劑（如美沙拉嗪腸溶片）可用於輕、中度患者的誘導緩解和維持治療。對於對氨基水楊酸製劑療效不佳的中、重度患者，首選糖皮質激素，如醋酸潑尼松片等，主要透過非特異性抗炎和抑制免疫反應發揮作用。
除了上述疾病，也不能排除細菌性痢疾、傷寒等病的可能性，建議前往醫院進一步檢查以明確診斷。