導致清晨腹痛的原因可以歸結如下：
第一種原因是因為夜間肚子受涼。夜間睡眠中，如果腹部保暖措施未做好，胃腸道就可能受涼，這時腸道蠕動加速，胃腸道平滑肌發生痙攣等異常反應，從而導致清晨腹痛的出現。一般會伴隨著排便的情況，而排便過後，則腹痛會逐漸緩解。
第二種原因是由消化性潰瘍所導致的。消化性潰瘍主要發生在十二指腸處，其典型症狀是空腹時出現中上腹部劇烈疼痛，而進食或口服抑制胃酸藥物後，疼痛會逐漸減輕。所以，如果清晨空腹時出現的腹痛比較明顯，考慮消化性潰瘍的可能性較大。
第三種原因是因為腸道感染所導致的。這種情況主要是由於前一天晚餐進食了不幹淨的食物，從而導致大量細菌進入胃腸道，刺激腸黏膜發生了炎性滲出和水腫，並且腸黏膜也受到了損傷，導致腸道平滑肌發生痙攣，最終就出現了清晨腹痛的情況。同時，患者也會伴隨著大便次數增多、大便稀薄、便後腹痛沒有緩解等症狀的表現。
針對這些不同的原因，也要採取不同的治療方法。如果是因為肚子受涼所導致的腹痛，可以使用熱敷或是口服溫熱的薑湯等方式來緩解肌肉的痙攣。如果是因為消化性潰瘍所導致的腹痛，可以使用腹膜透析或者是PTC等方式進行鍼對性的治療。如果是因為腸道感染所導致的腹痛，可以採用抗生素或者是改善腸道菌群的方法來治療。綜上所述，患者在遇到這種情況時一定要及時去醫院進行相關的檢查和治療。