心內膜墊缺損分型包括完全型和部分型。部分型包括原髮型房間隔缺損和二尖瓣瓣裂,此型別下的二尖瓣與三尖瓣的瓣環基本完整,只是有微小裂隙,導致左心室收縮時血液會反向流入左心房。
過渡型包括原髮型房間膈缺損、分裂二尖瓣和較小的室間隔缺損,其中室間隔缺損位於心室的流入道部分,但此時二尖瓣、三尖瓣仍是分開的。完全型則包括原髮型房間隔缺損、較大的流入道室間膈缺損、並共同房室瓣,其兩個房間各自的大門沒有門框,湊成一箇形狀和功能都不完全的公用通道,且要依靠二尖瓣和三尖瓣發揮功能。
但是這個公用通道在二尖瓣、三尖瓣上分配不一定均勻,可能一側大,一側小,甚至連線二尖瓣的腱索可阻塞右心室,更有可能右心室與左心室根本就沒有腱索連線。