在人體的胃腸道中存在著許多種類的微生物，也被稱為腸道菌群。腸道菌群可以分為有益菌、致病菌和中性菌三類。在正常情況下，這些細菌按一定比例組合，相互制約，相互依存，形成一種生態平衡。然而，當人體內外環境發生變化時，特別是長期使用廣譜抗生素後，敏感腸菌被抑制，未被抑制的細菌會大量繁殖，導致菌群失調。
首先，腸道菌群失調會導致消化道症狀。常見的症狀包括口臭、食慾不振、腹痛、腹脹、噯氣和打嗝。嚴重情況下，可能會出現排便異常，如排便費勁、氣味臭、顏色深和頑固性腹瀉或便祕等。這是因為當有益菌群減少時，大量腐敗菌會在消化道中繁殖，產生氣體，導致口臭、腹脹和腹痛。當益生菌減少無法消化一定數量乳糖時，會引起乳糖過量，水分無法被吸收，從而導致頑固性腹瀉。此外，當有害菌過多時，產生的大量廢棄物積累也會影響腸道正常代謝功能，導致便祕。
其次，腸道菌群失調還會引起全身症狀。這主要表現為抵抗力下降，經常感冒、身體不適，以及睡眠質量差，如焦慮、抑鬱、面板狀態變差和氣色不佳等。這是因為腸道菌群與人體70%的免疫力有關。當腸道菌群失衡時，人體免疫力下降，易患自身免疫系統疾病。此外，腸道中過多的有害細菌也會影響腦功能和心情，導致焦慮和抑鬱等表現。
首先，疾病因素是其中之一。某些疾病如胃酸缺乏症、慢性腎炎、肝硬化、外傷、感染和腫瘤等，特別是使用激素、放射治療和化療，都會破壞腸道菌群的平衡，引起菌群失調。其次，飲食因素也起著重要作用。飲食結構不合理，缺乏益生元，即不可消化的膳食纖維成分，是腸道細菌的食物。膳食纖維主要存在於水果、蔬菜、全穀類食物中。如果飲食缺乏這些成分，會引起腸道菌群失調。此外，精煉油、精白米、白砂糖、加工食品、快餐、食品新增劑、防腐劑、農藥殘留和含有抗生素或激素的肉類等都對腸道不利。最後，濫用抗生素也是腸道菌群失調的原因之一。雖然抗生素是治療感染和疾病的重要藥物，但它們會殺死腸道中所有細菌，包括益生菌和致病菌。長期使用抗生素會導致腸道菌群失調。