新生兒睡眠質量不佳、經常哼哼和哭泣的原因可能是環境不適宜或餵養不當等生理因素，也可能是消化不良、缺鈣或上呼吸道感染等病理性因素引起的。為了避免延誤病情，需要積極針對具體原因進行治療。
生理因素方面：
1、環境不佳：新生兒對外界環境還沒有適應能力，尤其是嘈雜和光線過強的環境會影響睡眠質量，因此，應該適時安慰，在室內調暗光線，保持環境安靜。
2、餵養不當：如果新生兒在睡覺前進食過多的母乳或奶粉，會導致胃腸道消化不及時或機體不耐受，引發哭鬧。另外，如果新生兒在睡前進食過少而處於飢餓狀態，也會表現出睡眠不踏實和易哭的情況。建議媽媽在睡前適量哺乳，緩解新生兒的不適。
病理因素方面：
1、消化不良：由於新生兒的身體較為脆弱，胃腸道等系統還在發育階段。一次性進食過多容易引發消化不良，導致腸脹氣、腸梗阻、腹瀉等症狀，引起新生兒哭泣。應採用少量多餐的餵養方式緩解這種情況。
2、缺鈣：鈣元素對牙齒和骨骼的增長至關重要，同時對神經系統的正常運作也不可或缺。缺鈣可能導致新生兒骨骼發育障礙，出現四肢抽搐、關節痠痛等症狀，同時也會打破神經系統的平衡，導致神經興奮，使新生兒難以安睡。為緩解這種情況，可以透過食物和藥物補充鈣元素，如蝦、牛奶等食物，以及小兒碳酸鈣D3顆粒等藥物。
3、上呼吸道感染：上呼吸道感染主要由細菌或病毒感染引起。這可能導致新生兒出現鼻塞、發熱和咳嗽等不適症狀，使新生兒呼吸受阻，體溫升高，表現為睡眠不穩定和哭鬧。建議依照醫生的指示使用精氨酸布洛芬顆粒等藥物治療，同時可以採取溫水擦浴、貼退熱貼等物理方法進行降溫。
當排除了生理因素後，如果新生兒的睡眠不穩定、經常哼哼和哭泣，建議儘快帶到兒科醫院就診，進行血常規檢查和X線檢查等，以確診病因，並積極按醫生的指示進行治療。