胃酸和胃蛋白酶接觸的部位是消化性潰瘍病發生的地方，包括食管下端、胃、十二指腸、胃腸吻合口和麥克爾憩室，其中胃和十二指腸潰瘍最常見。胃潰瘍通常出現在胃小彎，尤其是胃角，也可能出現在胃竇或胃體的高位，而胃大彎和胃底則比較少見。
從組織學角度來看，胃潰瘍常發生在幽門腺區和胃體、胃底腺以及移行交界處的幽門腺區側。隨著年齡增長，幽門腺區側沿胃小彎向胃的近端上移擴大。
十二指腸潰瘍主要出現在距離十二指腸起始部最近的2cm範圍內，即十二指腸球部前壁最常見，佔50%；其次是後壁，佔23%；然後是下壁，佔22%；上壁最少，只佔5%。
大多數患者只發生單個胃潰瘍或單個十二指腸潰瘍，這些潰瘍可以持續很長時間，不會因為病程的延長而增多。多發性潰瘍只見於少部分患者，可能表現為一箇較大的潰瘍併發生一箇或多箇小潰瘍，其中15%的十二指腸潰瘍和5%的胃潰瘍屬於多發性潰瘍。
當十二指腸前壁和後壁同時出現潰瘍時，被稱為複合潰瘍，即同時存在於胃和十二指腸的潰瘍。這種情況多見於吸菸的男性、服用非甾體類抗炎藥和患有胃部腫瘤的人群，這類患者的潰瘍癒合時間長，病程更加複雜。
在多發性潰瘍中，各個潰瘍的活動程度不同，一般胃潰瘍是活動性潰瘍，而十二指腸潰瘍常是不活動或處於癒合狀態。