男性出現小便分叉時，應根據具體情況選擇適合的治療方法。造成男性小便分叉的常見原因包括生理性因素和病理性因素。
生理性因素主要是由於憋尿時間過長、性生活等因素引起。例如，性生活後由於海綿體充血未完全恢復，排尿時可能會出現生理性小便分叉。這種情況通常不會出現其他臨床症狀，只是偶爾發生，一般無需特殊治療。
病理性因素包括尿道炎、前列腺炎、前列腺增生和尿道結石等。尿道炎可能導致小便分叉，還可能伴有排尿疼痛、尿頻等症狀。治療時根據具體病原體選擇合適的藥物，例如非淋菌性尿道炎可選用紅黴素、阿奇黴素等藥物治療，淋菌性尿道炎可選用頭孢曲松鈉、鹽酸大觀黴素等抗菌藥物治療。
前列腺炎也可能引起尿分叉，並伴有尿不盡、尿頻等症狀。可選用鹽酸左氧氟沙星、鹽酸多西環素等藥物抗菌消炎，疼痛明顯時，可選用布洛芬、對乙醯氨基酚等藥物緩解症狀。此外，還可使用鹽酸坦索羅辛、甲磺酸多沙唑嗪等藥物改善症狀，必要時可以考慮手術治療，如經直腸切開引流術、前列腺穿刺排膿術等。
前列腺增生會導致腺體增大以及尿道分泌物增加，造成尿道阻塞，可能出現小便分叉、疼痛、排尿困難等情況。可使用非那雄胺、甲磺酸多沙唑嗪等藥物治療，改善小便分叉和排尿困難等症狀，也可控制腺體增大。對於嚴重的前列腺增生，可考慮手術治療，如經尿道前列腺電切手術、經尿道前列腺切開術等。
尿道結石存在時，會阻礙尿液排出，可能引起小便分叉。可以增加水量，多次排尿，促進小的結石排出。當結石無法自行排出時，需要考慮手術治療，如體外衝擊波碎石術、尿道外口切開取石術等。