大多數顱內感染可以治癒。對於病毒性顱內感染,只要給予足夠劑量和療程的抗病毒藥物,可以殺死腦脊液中的病原體,從而治癒疾病。
細菌性和真菌性感染也可以完全清除,但患者更關心的是治癒後是否會留下後遺症。在這方面,完全有可能出現後遺症。一些患者可能會在顱內感染後遭受嚴重的腦組織損傷,即使病原體被殺死,即使治癒了,也可能留下複發性癲癇發作的後遺症,甚至智力下降、痴呆等症狀。有些患者還可能遺留肢體癱瘓,但這並不代表未治癒。只要成功殺死顱內的病原菌,在經過足夠的療程治療後,疾病就算治癒了。然而,由於腦組織損傷嚴重或病程長久,可能會產生一些後遺症。
此外,還有一種較特殊的顱內感染,即由HIV引起的感染。HIV感染了一段時間後也會進入腦組織,但由於HIV本身是不可治癒的,因此如果是由HIV引起的顱內感染,治療效果可能不太理想。