一旦結核菌進入人體肺部,個體抵抗力較強時,會對結核菌的繁殖產生抑製作用,一般情況下不會大量繁殖並導致嚴重破壞,也不會發生嚴重的結核病,或者只會出現輕微的結核病症狀。
某些人可能完全沒有感覺到這種結核病的存在,只是在檢查時發現肺部已經受到結核菌侵害並形成了鈣化點,最後自愈。
對抵抗力較差的個體來說,或者一次吸入大量結核菌的個體(例如,當一箇結核病患者打噴嚏時,正好站在他面前,而且離他很近),身體內的抵抗力可能不足以抑制或殺死侵入的結核菌的繁殖。此時,結核菌迅速在體內繁殖並侵害肺組織,導致部分肺組織壞死。壞死的肺組織會隨著咳嗽將痰排出體外,可能在肺內形成空洞。
另外,一部分結核菌可能進入受損的肺血管,隨著血液迴圈到達全身各個部位,如腦部(導致腦膜炎或腦結核瘤)、骨骼(導致骨結核)、腎臟(導致腎結核)等等。