伸直型肱骨髁上骨折分為早期併發症和晚期併發症。
早期併發症主要包括神經損傷。其中，橈神經損傷是最常見的，並且通常為暫時性麻痺。這種情況多發生在骨折端向後內移位時，患者可能會出現手指和腕關節不能背伸的症狀，但一般情況下能夠完全恢復。對於持續性橈神經麻痺超過3個月的患者，才會考慮進行探查手術。其次是正中神經損傷，患者可能會出現橈側三個半指及前臂掌側面板麻木的症狀，多見於骨折遠端向後外移位，有時還伴有肱動脈損傷。另外，尺神經損傷導致小手指側面板麻木，這種併發症在伸直型肱骨髁上骨折中較為罕見，多見於屈曲型髁上骨折。伸直型肱骨髁上骨折併發血管損傷並引發持續性後果非常少見，而臨床醫生必須提高警惕，及時解除引起血管壓迫或損傷的原始因素，在必要時進行血管探查。最後，骨筋膜室綜合徵，俗稱5P徵，表現為患肢疼痛、蒼白、沒有脈搏、感覺缺失和麻痺，骨筋膜室的壓力超過30mmHg，則需要切開減壓手術。
晚期併發症主要包括關節僵硬、功能障礙和骨化性肌炎。這些併發症通常是由於反覆用力手法整復和康複訓練中的物理治療導致的。肘內翻畸形在所有閉合復位或石膏固定治療的肱骨髁上骨折中會發生，發生率大致在9%到58%之間。它主要影響外觀，對於上肢的某些動作，如側方向投擲曲線球和前推動作，會有一定影響。通常情況下，非手術治療沒有有效的方法，手術矯形是糾正畸形的唯一有效方法。