室房間隔缺損的嚴重程度影響著治療方案的選擇。一般而言,如果房缺和室缺的缺損程度相同,那麼室缺更為嚴重。對於缺損程度不嚴重的情況,兩者都有可能自然癒合。例如,當缺損小於3mm時,基本上在嬰幼兒期就可以自行癒合;而當缺損小於5mm時,也有一定的癒合可能性。然而,一旦缺損大於1cm,就幾乎沒有自然癒合的可能,需要採取手術修復。此外,房缺合併室缺的情況基本上不能自然癒合,需要手術干預。
在兒童時期,室房間隔缺損一般表現不明顯,直到20歲後才可能出現胸悶、耐力差等症狀。感染心內膜炎的情況相對較少見,但晚期可能會導致心力衰竭。近期和中期進行的室房間隔缺損手術效果良好。然而,室缺的併發症包括心內膜炎和心力衰竭,相對來說比房缺更為嚴重。