腦積水分流術是一種治療腦積水的手術，但是常常會出現很多併發症。首先是感染，可能是因為病人的免疫力較差或者操作不當導致的。其次是分流過度或不足，這往往會引發一些對病人健康危害更大的問題，如硬膜外血腫、低顱壓綜合徵、腦裂隙綜合徵等。如果分流管閥門壓力不適當，腦脊液會排出不暢，病人的視物症狀改善並不明顯。切記要密切觀察，並根據實際情況進行處理。
此外，腦室裂隙綜合徵也很常見。在分析回顧中，腦室出現裂隙綜合徵的發生率從總體上來看佔80%。其中，88%的病人完全沒有症狀，而剩下的裂隙綜合徵病人中近6.5%需要手術干預。手術方法包括腦室端分流管梗阻的修復、更換壓力更高的分流管閥門以增加阻力、安加抗虹吸閥門或更換可調壓引流管等。
低顱壓綜合徵是常見的併發症之一，其臨床表現為頭疼、噁心、嘔吐、心動過緩或嗜睡，這些症狀在病人改變體位時更為明顯。低顱壓綜合徵的病人在直立時會引起過度分流，從而造成顱內負壓。孤立性四腦室擴張則表現為頭疼、吞嚥困難、低位腦神經麻痺、共濟失調、昏睡及噁心、嘔吐，嬰幼兒還會有長吸式呼吸、心動過緩等。治療方面，對有症狀的患者可採取四腦室腹腔分流術。
在腦積水分流術後，最常見的一箇併發症叫做梗阻，分流管系統梗阻最為常見，佔50%~70%左右。其原因主要是引流管梗阻和腦脊液蛋白異常升高。為預防梗阻的發生，需要在術中儘量減少出血。此外，還有其他併發症，如分流管斷裂，可能與頭顱生長過大、分流管閥門脫落等因素有關。因此，在腦積水分流術後，及時記錄觀察病情變化十分關鍵。