為了延長眼藥水的儲存時間，許多眼藥水中新增了防腐劑。但如果擔心長期使用對眼睛有損害，可以選擇小包裝的眼藥水。
眼藥水一旦開啟接觸到空氣，就容易被細菌汙染。為了防止藥物失效或變質，國家允許製藥廠按規定新增一定量的防腐劑。常見的防腐劑有硝酸苯汞、苯扎氯銨、三氯叔丁醇和羥苯乙酯等。眼藥水的包裝上通常不會標明是否含有防腐劑，只有在說明書的成分或輔料一欄中才能找到不太熟悉的字眼。
有兩種簡單的方法可以找到不含防腐劑的眼藥水。
一種方法是看規格。目前市面上的眼藥水有兩種型別，一種是瓶裝的，劑量較大(通常為5毫升或以上)，為了方便儲存通常含有防腐劑；另一種是小支裝的，劑量較小(通常為0.4毫升)，通常不含防腐劑。
另一種方法是看有效期。不含防腐劑的眼藥水通常會註明需要在一天內用完，在外包裝上還可能標明“不含防腐劑”的字樣。
不含防腐劑的眼藥水通常是人工淚液和抗炎藥。目前患有乾眼症的人較多，主要治療方法是補充人工淚液，所以需要長期使用眼藥水。為了避免成分積累引起較大的副作用，建議選擇不含防腐劑的眼藥水。如果單支包裝的眼藥水一天內沒有使用完，也不建議第二天繼續使用，因為可能會變質，對眼睛造成傷害。
需要提醒的是，如果在短時間內正確使用正規廠家生產的眼藥水，即使含有防腐劑，也不會造成明顯的傷害，不必過於擔心。但是，開封超過一箇月後就不建議繼續使用了。此時，與其關注眼藥水是否含有防腐劑，不如關注是否使用得當。建議在日常眼部保健中儘量避免使用眼藥水，可以透過多休息、做眼保健操等方式按摩來緩解疲勞和乾澀的症狀。