病毒性腦膜腦炎的治療效果通常良好，大部分患兒都可以恢復得較為理想，然而仍有部分患兒可能出現不同程度的後遺症。這些後遺症主要包括以下幾個方面：
首先，部分患兒可能出現運動方面的問題。雖然經過治療，病毒感染得到控制，但腦細胞仍然會受到一定程度的損傷。當大腦皮層的運動區或認知感覺區遭受損傷時，患兒可能會表現出運動落後或運動不協調的症狀。
其次，智力問題也是病毒性腦膜腦炎後遺症的一部分。如果病毒感染或病變導致大腦皮層的感覺區和認知區受損，患兒的智力可能會受到不同程度的影響。可能會表現出反應遲鈍、聽力問題，對外界的聲音反應不敏感或反應緩慢，同時還可能出現認知障礙、學習困難甚至學習能力的損失。
此外，患兒還有可能出現大腦皮層神經元的異常放電，也就是癲癇。這是由於病毒性腦膜腦炎對大腦皮層神經元的損害所導致的。癲癇會引起患兒發作性的抽搐和意識喪失，給患兒的生活和日常活動造成一定的困擾。
總結來說，病毒性腦膜腦炎的治療通常可以使大部分患兒恢復正常。然而，由於病毒感染對大腦的影響，部分患兒可能會出現運動、智力和癲癇等後遺症。因此，對於這些患兒來說，除了及時治療病毒性腦膜腦炎本身外，還需要進一步關注和治療其可能出現的後遺症。