由於自身免疫性肝炎是由自身免疫功能紊亂引起的肝細胞損害,它在理論上是無法徹底治癒的。因此,長期使用激素和免疫抑製劑是必要的治療手段。然而,隨著治療效果的改善,自身抗體的滴度會下降,因此激素和免疫抑製劑的使用劑量也會逐漸減少。通常情況下,自身免疫性肝炎患者在第一年會進行更多的肝穿次數,激素和免疫抑製劑的用量也會較大。待肝臟病理學及肝小葉結構恢復正常後,激素和免疫抑製劑的劑量將逐漸減少。
需要注意的是,自身免疫性肝炎並不是一箇獨立侵犯肝臟的疾病。通常還會伴隨系統性紅斑狼瘡、類風溼性關節炎等其他疾病的發生。對於像系統性紅斑狼瘡和類風溼性關節炎這些疾病,使用激素和免疫抑製劑、免疫調節劑進行治療也將是長期甚至是終生的護理手段。